La città di Arona è situata sulla sponda piemontese del lago Maggiore ed è attraversata dal torrente Vevera, che qui sfocia nel lago. All'intorno si estendono i bassi rilievi collinari di origine morenica (chiamati "motti"), inglobati nel Parco naturale dei Lagoni di Mercurago dove, nel 1860, venne individuato il primo insediamento palafitticolo rinvenuto in Italia. Anche la maggior parte del territorio comunale è di tipo collinare, con altitudini che vanno progressivamente degradando da nord verso sud (e da ovest verso est nel centro abitato) dai 513 m di Motto Mirabello(presso la frazione Dagnente) fino ai 195 m in riva al lago. I rilievi collinari sono in genere ricoperti da boschi che occupano oltre la metà del territorio aronese, sul 33% della superficie si stendono le aree urbanizzate e sul 9% prati o pascoli; percentuali minori sono destinate a parchi, giardini e aree verdi sportive (2,3%), orti, frutteti, vivai e vigneti (1,7%), incolti erbacei (1%) e seminativi (0,4%). Collocata nella parte più meridionale del lago, Arona dista circa 37 km dal capoluogo provinciale Novara, ma solo una trentina da località lombarde come Varese e l'aeroporto di Milano-Malpensa.